Сей храм для горожан заработал в 1771 году, на углу Первой линии и Большого проспекта .Тогда же установили и первый орган. В дальнейшем инструмент менялся, в зависимости от финансового положения. Последний изготовленный фирмой «Валькер» в 1892 из органов, прослужил вплоть до закрытия церкви в 1935 году.Тогда орган перевезли в Мариинский театр.
В честь святой Екатерины, в Петербурге, церквей не одна, но лишь Лютеранская церковь на Васильевском острове может похвастаться великолепным органом. Чтобы не путаться, горожане называют ее Кирха святой Екатерины.
Церковь была выстроена в характерном, для архитектора Ю.М.Фельтена, стиле и немного напоминала воздвигнутую им Армянскую церковь на Невском проспекте. Поэтому перестраивали её дважды.В 1859 году переделали церковный зал и поменяли металлическую ограду вокруг храма на каменную, а в 1902 году к основному церковному зданию, с обеих сторон, пристроили еще помещения. Сюда поместили статуи апостолов Петра и Павла, которые раньше были размещены в нишах. После революции храм отдали общине евангельских христиан-баптистов, а в 1935 году ее закрыли совсем. Последнего настоятеля арестовали и сослали в Сибирь, а церковь, сначала отдали под клуб горняков, затем под филиал проектного института, после чего в здании бывшей церкви святой Екатерины открыли студию грамзаписи, знаменитую «Мелодию», дабы не пропадала такая великолепная акустика.
Церковь вернули лютеранской общине после реставрации в конце 90-х годов .
На здании установили новый крест, а в 1999 году, установили новый механический орган, самый большой в городе.
