Уже с Петровских времен,Стрелка Васильевского острова стала научным, музейным и учебным центром города. При Петре I началось здесь строительство Кунсткамеры, после открытия здесь разместилась первая в России Академия наук, первый в России публичный естественнонаучный музей, планетарий и первая обсерватория.Во второй половине XVIII века для Академии наук было построено специальное здание.С годами, благодаря научным исследованиям Императорской Академии Наук, собрался целый ряд крупных коллекций. Собрания Кунсткамеры постоянно пополнялись, в 1832 году на базе зоологических коллекций , под крылом Академии появился самостоятельный Зоологический музей.
Сначала музей размещался во флигеле Академии наук, коллекция постоянно пополнялась и ей стало тесно в этом помещении. В 1893 году, для нужд зоологического музея, было отдано здание южного пакгауза, расположенное по близости.Для перемещения экспонатов был сооружон специальный переход из старого здания в новое. Огромных усилий потребовало внутреннее обустройство залов, для экспонирования коллекций были заказаны специальные шкафы. На подготовку ушло целых семь лет.В феврале 1901 года, в присутствии императора Николая II, состоялось торжественное открытие зоологического музея . Экспозицию принимал Президент Императорской Академии Наук великий князь Константин Константинович, который принимал активное участие в организации переезда.
В почетной книге оставили свои росписи 26 членов императорской фамилии.В 1930 году Музей был преобразован в Зоологический институт Академии Наук СССР , сегодня – Российской Академии Наук. Музей зоологического института РАН является одним из крупнейших в мире.